O topónonimo Trofa provém do termo árabe Tarufa, que significa "terra fronteira" ou "terra de passagem".
Por volta dos séculos VI ou VII, alguns povos fixaram-se nas margens do rio Ave, devido à grande fertilidade destas terras. Fundaram assim a povoação de Bougado., com as freguesias de S. Martinho e Santiago. Até há algum tempo, tem sido a exploração da terra a principal actividade nesta localidade.
A ligação com outras regiões vizinhas, possiblitadas pela abertura de meios de comunicação, proporcionou o desenvolvimento progressivo da povoação.
Uma das principais obras que permitiram este desenvolvimento foi a abertura da estrada que liga o Porto a Braga, com passagem por Trofa. Data desta altura, 1858, a construção da Ponte Pênsil da Barca de Trofa, sobre o rio Ave. Esta ponte veio permitir a fácil passagem do rio Ave que, desde a Idade Média, se fazia de barco.
Pouco mais tarde, em 1875, a povoação teve novo desenvolvimento com a construção da Linha do Minho, o caminho de ferro entre Porto e Braga, inaugurada em 20 de Maio de 1875. Foi construida a estação de Trofa, na povoação de S. Martinho de Bougado. Este nome, Trofa, já existia, designando uma localidade da freguesia de Santiago de Bougado. A partir desta altura, passou a designar as duas povoações em conjunto.
A ponte pênsil original foi demolida em 15.1.1935, sendo substituida pela actual. Manteve-se, contudo, como ex-libris da cidade e da região.
Actualmente a cidade vive da indústria e do comércio, após um grande desenvolvimento conseguido a partir do início do séc. XX.
Inicialmente dedicada à transformação de madeiras para a construção civil, a indústria desenvolveu-se com o fabrico de chapéus. Mais tarde, iniciou a moagem do trigo e o fabrico de tecidos de algodão. Todas estas indústrias tiveram grande significado na exportação para outras regiões, principalmente para as colónias portuguesas em África. A indústria das madeiras tem também actualmente um grande significado.
O desenvolvimento conseguido, teve como resultado a criação da vila de Trofa, em 16 de Maio de 1984 e a sua elevação a cidade em 27 de Maio de 1993.
Foi elevada a sede de concelho em 19 de Novembro de 1998 pela Lei nº 83/98 de 14 de Dezembro, aprovada em 19 de Novembro de 1998 e promulgada em 2 de Dezembro de 1998. Este concelho inclui área das freguesias de São Mamede do Coronado, São Martinho do Bougado, Covelas, São Cristóvão do Muro, Alvarelhos, Guidões, São Romão do Coronado e Santiago do Bougado, destacadas do concelho de Santo Tirso.